Beide Trainingsarten konzentrieren sich nicht nur auf das körperliche, sondern auch auf das seelische Wohl. Sie unterscheiden sich aber in ihrer Ausführung und in ihrer Entstehung.
Yoga ist bereits Tausende von Jahren alt und wird auch als philosophische Lehre betrachtet.
Pilates hingegen wurde während des Ersten Weltkriegs von dem Deutschen Joseph Hubert Pilates erfunden.
Beide Trainingsarten beziehen den Atemfluss ins Training ein: Bei Yoga-Übungen wird fast ausschließlich durch die Nase geatmet. Hier spielt die Atmung eine weitaus größere Rolle. Die Atmung dient dazu, den Geist zu entspannen. Beim Pilates Workout hingegen wird durch die Nase ein- und den Mund ausgeatmet. Im Gegensatz zum Pilates wird beim Yoga deshalb auch nicht nach Wiederholungen oder Zählzeiten trainiert. Die einzelnen Posen (Asanas) werden über mehrere Atemzüge gehalten oder in einem Flow, passend zum Atemfluss, nacheinander ausgeführt.